RANGKUMAN JURNAL BIOINFORMATIKA

BAB I

PENDAHULUAN

1.1.            Latar Belakang

Bioinformatika adalah aplikasi dari alat komputasi dan analisis untuk menginterpretasikan data-data biologi. Bioinformatika berkembang menjadi kajian yang memadukan disiplin ilmu biologi molekul, matematika dan teknik informasi. Kajian bioinformatika tidak lepas dari perkembangan biologi molekul modern yang ditandai dengan kemampuan manusia untuk memahami genom, yaitu cetak biru informasi genetik yang menentukan sifat setiap makhluk hidup yang disandi dalam bentuk pita molekul DNA (asam deoksiribonukleat). Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perangkat-perangkat keras maupun lunak.

Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan para ahli dalam memanipulasi DNA. Untai DNA yang mengkode protein disebut gen. Gen ditranskripsikan menjadi mRNA, kemudian mRNA ditranslasikan menjadi protein. Protein sebagai produk akhir berperan menunjang seluruh proses kehidupan, antara lain sebagai katalis reaksi biokimia dalam tubuh (enzim), berperan serta dalam sistem pertahanan tubuh (antibodi), menyusun struktur tubuh dari ujung rambut hingga ujung kaki (protein keratin menyusun rambut; protein aktin, miosin dan sebagainya membentuk otot). Arus informasi dari DNA ke RNA kemudian protein disebut dogma sentral dalam biologi molekul.

Saat ini terdapat milyaran data nukleotida tersimpan dalam basis data DNA dari bank-bank gen di AS, Inggris, dan Jepang. Pada beberapa tahun terakhir, telah terjadi ledakan dalam jumlah informasi biologis yang tersedia. Jumlah berbagai basis data melipat ganda setiap 15 bulan dan tersedia data sekuen genom lengkap lebih dari 100 organisme.

1.2.            Perumusan Masalah

Dalam penulisan ini terdapat beberapa rumusan masalah yaitu sebagai berikut :

1.      Materi penulisan ini menganalisa dari 3 jurnal dengan judul :

·         Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens

·         Penentuan Spesies Bakteri Pseudomonas Dan Analisis Phylogenetic Tree Secara Bioinformatika

·         Analisis Kadar Protein dan Identifikasi Asam Amino pada Ikan Patin (Pangasius djambal)

1.3.            Tujuan Penulisan

Terdapat beberapa tujuan dalam penulisan makalah ini yaitu sebagai berikut :

1.      Untuk mengetahui perkembangan teknologi yang berkaitan dengan kedokteran

2.      Untuk merangkum 3 jurnal tentang bioinformatika

BAB II

PEMBAHASAN

2.1.            Jurnal 1

·         Judul

Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens

·         Penulis

Vanny Narita, Arif Lelono Arum, Siti Isnaeni, Nuri Y. Fawzya

·         Uraian

Metode bioinformatik berbasis web digunakan untuk mencari anotasi (penamaan), pemetaan genome, dan analisis sekuen lanjut lainnya yang dijalankan secara online melalui program yang tersedia secara gratis di web. Keunggulan metode tersebut adalah hemat dan dapat menjadi penelitian pendahuluan sebelum percobaan secara nyata dilakukan. Penelitian bioinformatik berbasis web ini bertujuan untuk melakukan eksplorasi enzim kitosanase dengan program berbasis web, dengan menggunakan potongan sekuen 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Analisis yang dilakukan adalah untuk mencari tahu apakah sekuen tersebut telah ada di Gene Bank atau merupakan strain baru khas Indonesia yang belum terpublikasi. Diharapkan hasil penelitian ini dapat membantu memberikan anotasi (penamaan) untuk strain baru yang memudahkan analisis sekuen DNA dan protein secara lebih lanjut. Kitosanase adalah sekelompok enzim yang mencerna kitosan tetapi bukan kitin. Menurut Enzyme Commission definisi kitosanase sendiri adalah enzim yang mampu melakukan endohidrolisis ikatan beta-1,4 antarresidu Dglukosamin menjadi kitosan terasetilasi sebagian. Enzim ini sangat penting untuk menjaga keseimbangan antara karbon dan nitrogen yang terjebak sebagai kitin terlarut dalam biomassa. Di bidang kesehatan, kitosanase dari jamur patogen telah terbukti menjadi faktor virulensi putatif, dan dapat memainkan peran penting dalam menginfeksi inang.

·         Hasil

Berdasarkan dua database yang digunakan, diperoleh beberapa bakteri, namun semuanya tidak terdata sebagai bakteri penghasil kitosanase. Bakteri tersebut juga tidak menunjukkan kemiripan yang identik dengan sampel. Oleh karena itu, sampel berpeluang menjadi strain baru asli Indonesia yang belum terpublikasi.

2.2.            Jurnal 2

·         Judul

Penentuan Spesies Bakteri Pseudomonas Dan Analisis Phylogenetic Tree Secara Bioinformatika

·         Penulis

Yoyon Suyono

·         Uraian

Bahan yang digunakan meliputi Buffered Pepton Wáter (Difco), NaCl (e Merck), Alkohol (e Merck), Pseudomonas Isolation Agar (PIA) (Difco), Casamino Acid Media (Difco) dan Alumunium Foil. Peralatan meliputi wadah contoh (bahan dari gelas dan plastik), alat sampling, timbangan analitik, timbangan top loading, cawan petri, jarum ose, pipet tetes, pipet ukur, botol pengencer, tabung reaksi, labu ukur, gelas kimia, erlenmeyer, oven, inkubator, autoklaf, bunsen, hot plate stirer, laminar flow, pinset, pH meter dan termometer.

Prosedur penelitian meliputi pengambilan contoh tanah di salah satu industri untuk isolasi bakteri (sesuai prosedur pengambilan contoh tanah untuk analisa mikroba, 2004, Balai Penelitian Tanah, Jawa Barat). Isolasi bakteri, ditimbang 25 g contoh tanah kemudian dilarutkan dalam 225 ml Buffered Pepton Wáter. Larutan contoh diencerkan sampai 5 kali pengenceran (10-5) kemudian diambil 1 ml dari masing-masing pengenceran bahan untuk dicampurkan dengan Pseudomonas Isolation Agar pada cawan petri dan diinkubasi pada suhu 37oC selama 48 jam dengan posisi cawan petri terbalik. Setelah diinkubasi diamati pertumbuhan bakteri dan dipindahkan koloni yang terpisah menggunakan jarum ose ke dalam media Casamino Acid Media agar miring dan diinkubasi 48 jam hingga diperoleh bakteri tunggal (isolat murni). Isolat murni yang dihasilkan di analisa genetika (16S rRNA) di Balai Pengkajian Bioteknologi BPPT Serpong, Tangerang Banten.

·         Hasil

Studi bioinfomatika terhadap hasil PCR-I6S rRNA meliputi studi kemiripan sekuen yang ada pada database menggunakan Basic Local Aligment Search Tool (BLAST) di situs NCBI secara on line, sekuen yang diperoleh disimpan dalam format FASTA pada notepade selanjutnya di alignment menggunakan Clustal W di situs EMBLEBI secara on line dan divisualisasikan dalam bentuk phylogenetic tree menggunakan program TreeView yang diunduh dari situs “http://taxonomy.- zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html” secara off line.

2.3.            Jurnal 3

·         Judul

Analisis Kadar Protein dan Identifikasi Asam Amino pada Ikan Patin (Pangasius djambal)

·         Penulis

Meirinda Hermiastuti

·         Uraian

Ikan Patin (P. djambal) merupakan salah satu spesies ikan air tawar dari jenis Pangasidae yang memiliki kadar protein tinggi (14,53%). Tingginya kadar protein dipengaruhi oleh asupan pakan yang dikonsumsi ikan. Azolla pinnata dan probiotik, umum ditambahkan bersama pakan ikan. A. Pinnata (matalele) merupakan tumbuhan dari jenis paku air yang memiliki kandungan asam amino esensial yang lengkap, sedangkan probiotik merupakan mikroba yang memiliki pengaruh menguntungkan bagi kesehatan dan kehidupan inang. Pemberian probiotik dalam pakan, berpengaruh terhadap kecepatan fermentasi pakan dalam saluran pencernaan, sehingga akan sangat membantu proses penyerapan makanan dalam pencernaan ikan. Berdasarkan keterangan diatas, timbul pemikiran bahwa asupan pakan ikan berupa A. pinnata dan probiotik akan memberikan perbedaan kandungan protein dan asam amino dalam daging ikan patin. Penelitian ini dirancang untuk menganalisis kandungan kadar protein menggunakan metode Kjeldahl dan identifikasi jenis asam amino menggunakan alat LC-MS. Pada penelitian ini sampel ikan yang diperoleh dari tim PMW Universitas Jember 2012, merupakan ikan patin yang telah diberi perlakuan variasi pakan. Terdapat tiga variasi pakan yang telah dilakukan, antara lain: pellet; pellet dan tambahan pakan A. Pinnata; serta pellet dicampur probiotik. Variasi pakan ini ix memberikan perbedaan kadar protein kasar pada dagingnya berturut-turut adalah 14,62%; 13,35%; 15,74%. Perbedaan kadar protein pada daging ikan, menunjukkan bahwa jenis pakan berpengaruh dalam produksi protein pada ikan. Isolasi protein dilakukan dengan metode alkali-aided protein extraction pada kecepatan 12000 rpm dan pH 10,5. Isolat protein yang diperoleh dihirolisis dengan HCl 6 N dan hasilnya dianalisis dengan LC-MS (Liquid Chromatography-Mass Spectrofotometer). Untuk konfirmasi proses hidrolisis protein digunakan metode Bradford.

·         Hasil

Hasil analisis LC-MS menunjukkan bahwa jenis asam amino penyusun protein ikan patin yang diberi perlakuan variasi pakan hampir sama. Terdapat 13 asam amino penyusun protein pada ikan patin yang diberi pakan pellet dengan asam amino dominannya triptofan. Ikan patin yang diberi pakan pellet dan tambahan A. pinnata mengandung 14 jenis asam amino dan kandungan asam amino yang dominan adalah asparagin. Sementara itu ikan patin yang diberi pakan pellet dicampur probiotik mengandung 13 jenis asam amino dan asam glutamat adalah asam amino yang dominan.

BAB III

KESIMPULAN

Setelah melakukan analisa dan merangkum 3 jurnal tentang bioinformatika dapat diambil beberapa kesimpulan sebagai berikut :

1.      Penggunaan teknologi bioinformatika dari ketiga jurnal tersebut ditujukan untuk mengeksplorasi  unsure-unsur biologi seperti komponen DNA, virus dan enzim, dll yang belum terdeteksi lewat pengecekan dari  aplikasi dan database yang ada di web GeneBank untuk menambah kepustakaan gen dunia.

Sumber Referensi :

1.     http://www.komputasi.lipi.go.id/data/1014224403/data/1110939469.pdf

2.     http://majour.maranatha.edu/index.php/jurnal-kedokteran/article/view/79

3.     http://repository.unej.ac.id/bitstream/handle/123456789/6166/Meirinda%20Hermiastuti%20-%20081810301047.pdf?sequence=1

4.     jurnal.uai.ac.id/index.php/SST/article/download/84/80

KOMPUTASI MODERN, SEJARAH KOMPUTASI MODERN DAN MACAM-MACAM KOMPUTASI MODERN

• Pengertian Komputasi Modern

        Komputasi merupakan sebuah ilmu yang mempelajari tentang cara-cara untuk memecahkan suatu masalah terhadap data input dengan sebuah algoritma. Data input disini adalah sebuah masukan yang berasal dari luar lingkungan sistem. Komputasi ini merupakan bagian dari ilmu komputer berpadu dengan ilmu matematika. Komputasi modern bisa disebut sebuah konsep sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory, memory disini bisa juga dari memory komputer. Oleh karena pada saat ini kita melakukan komputasi menggunakan komputer maka bisa dibilang komputer merupakan sebuah komputasi modern. Dalam kerjanya komputasi modern menghitung dan mencari solusi dari masalah yang ada, dan perhitungan yang dilakukan itu meliputi:

1.    Akurasi
2.    Kecepatan
3.    ProblemVolume Besar
4.    Modelling
5.    Kompleksitas

• Sejarah Komputasi Modern

        Dalam perkembangan komputasi modern, kita tidak bisa melupakan begitu saja orang dibalik perkembangan komputasi modern yang merubah semua pekerjaan jadi lebih mudah. Sejarah komputasi dimulai dari seseorang ilmuan yang ternama di bidang teknologi. Permulaan komputasi modern dimulai pada saat tahun 1926 oleh ilmuan yang berasal dari hungaria yang bernama John Von Neumann.

        Von Neumann seorang ilmuan yang belajar dari Berlin dan Zurich dan mendapatkan diploma pada bidang teknik kimia pada tahun 1926. Pada tahun yang sama dia mendapatkan gelar doktor pada bidang matematika dari Universitas Budapest. Berkat keahlian dan kepiawaiannya Von Neumann dalam bidang teori game yang melahirkan konsep seluler automata, teknologi bom atom, dan komputasi modern yang kemudian melahirkan komputer.
       
        Kegeniusannya dalam matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya. Setelah mengajar di Berlin dan Hamburg, Von Neumann pindah ke Amerika pada tahun 1930 dan bekerja di Universitas Princeton serta menjadi salah satu pendiri Institute for Advanced Studies. Dipicu ketertarikannya pada hidrodinamika dan kesulitan penyelesaian persamaan diferensial parsial nonlinier yang digunakan, Von Neumann kemudian beralih dalam bidang komputasi. Sebagai konsultan pada pengembangan ENIAC, dia merancang konsep arsitektur komputer yang masih dipakai sampai sekarang.
   
        Arsitektur Von Nuemann adalah komputer dengan program yang tersimpan (program dan data disimpan pada memori) dengan pengendali pusat, I/O, dan memori. berdasarkan beberapa definisi di atas, maka komputasi modern dapat diartikan sebagai suatu pemecahan masalah berdasarkan suatu inputan dengan menggunakan algoritma dimana penerapannya menggunakan berbagai teknologi yang telah berkembang seperti komputer.

• Berikut ini beberapa contoh komputasi modern sampai dengan lahirnya ENIAC :

        Konrad Zuse’s electromechanical “Z mesin”.Z3 (1941) sebuah mesin pertama menampilkan biner aritmatika, termasuk aritmatika floating point dan ukuran programmability. Pada tahun 1998, Z3 operasional pertama di dunia komputer itu di anggap sebagai Turing lengkap.

        Berikutnya Non-programmable Atanasoff-Berry Computer yang di temukan pada tahun 1941 alat ini menggunakan tabung hampa berdasarkan perhitungan, angka biner, dan regeneratif memori kapasitor.Penggunaan memori regeneratif diperbolehkan untuk menjadi jauh lebih seragam (berukuran meja besar atau meja kerja).

        Selanjutnya komputer Colossus ditemukan pada tahun 1943, berkemampuan untuk membatasi kemampuan program pada alat ini menunjukkan bahwa perangkat menggunakan ribuan tabung dapat digunakan lebih baik dan elektronik reprogrammable.Komputer ini digunakan untuk memecahkan kode perang Jerman.

        The Harvard Mark I ditemukan pada 1944, mempunyai skala besar, merupakan komputer elektromekanis dengan programmability terbatas.

        Lalu lahirlah US Army’s Ballistic Research Laboratory ENIAC ditemukan pada tahun 1946, komputer ini digunakan unutk menghitung desimal aritmatika dan biasanya disebut sebagai tujuan umum pertama komputer elektronik (ENIAC merupaka generasi yang sudah sangat berkembang di zamannya sejak komputer pertama Konrad Zuse ’s Z3 yang ditemukan padatahun 1941).

Macam - macam Komputasi Modern

        Ada 3 macam komputasi modern dan terbagi menjadi tiga macam, yaitu komputasi mobile (bergerak), komputasi grid, dan komputasi cloud (awan). Penjelasan lebih lanjut dari jenis-jenis komputasi modern sebagai berikut :

1. Mobile computing
        Mobile computing atau komputasi bergerak memiliki beberapa penjelasan, salah satunya komputasi bergerak merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel dan mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel.
Dan berdasarkan penjelasan tersebut, untuk kemajuan teknologi ke arah yang lebih dinamis membutuhkan perubahan dari sisi manusia maupun alat. Dan dapat dilihat contoh dari perangkat komputasi bergerak seperti GPS, juga tipe dari komputasi bergerak seperti smart phone, dan lain sebagainya.

2. Grid computing
        Komputasi grid menggunakan komputer yang terpisah oleh geografis, didistibusikan dan terhubung oleh jaringan untuk menyelasaikan masalah komputasi skala besar.
Ada beberapa daftar yang dapat dugunakan untuk mengenali sistem komputasi grid, adalah :
Sistem untuk koordinat sumber daya komputasi tidak dibawah kendali pusat.
Sistem menggunakan standard dan protocol yang terbuka.
Sistem mencoba mencapai kualitas pelayanan yang canggih, yang lebih baik diatas kualitas komponen individu pelayanan komputasi grid.

3. Cloud computing
        Komputasi cloud merupakan gaya komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.
Komputasi cloud menggambarkan pelengkap baru, konsumsi dan layanan IT berbasis model dalam internet, dan biasanya melibatkan ketentuan dari keterukuran dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

Perbedaan antara komputasi mobile, grid, dan cloud :

• Komputasi mobile menggunakan teknologi komputer yang bekerja seperti handphone, sedangkan komputasi grid dan cloud menggunakan komputer.

• Biaya untuk tenaga komputasi mobile lebih mahal dibandingkan dengan komputasi grid dan cloud.

• Komputasi mobile tidak membutuhkan tempat dan mudah dibawa kemana-mana, sedangkan grid dan cloud membutuhkan tempat yang khusus.

• Untuk komputasi mobile proses tergantung si pengguna, komputasi grid proses tergantung pengguna mendapatkan server atau tidak, dan komputasi cloud prosesnya membutuhkan jaringan internet sebagai penghubungnya.

Persamaan antara komputasi mobile, komputasi grid, dan komputasi cloud, penjelasanya sebagai berikut :

• Ketiganya merupakan metode untuk melakukan komputasi, pemecahan masalah, dan pencarian solusi.

• Ketiganya memerlukan alat proses data yang modern seperti komputer, laptop atau telepon genggam untuk menjalankannya.

Sumber :
http://herman-tempatbacaansantai.blogspot.co.id/2013/04/macam-macam-komputasi-modern.html
http://jaelanichaidir.blogspot.co.id/2013/03/artikel-komputasi-modern.html

FILE SISTEM TERDISTRIBUSI

Sistem Terdistribusi

• Interface Service

Interface service adalah metode standard komunikasi yang dapat dipakai oleh siapapun tanpa membedakan vendornya. Interface Service merupakan titik point yang konsumen gunakan untuk mengakses fungsionalitas yang diarahkan oleh aplikasi. Interface Service biasanya menggunakan alamat jaringan, yang berarti bahwa ia dapat  di akses oleh konsumen lebih dari beberapa macam komunikasi jarigan. Alamat jaringan dapat terkenal lokasinya atau ia dapat terkandung dari direktori service seperti UDDI.

Interface Service mengimplementasikan kontrak antara konsumen dan penyedia. Kontrak ini memungkinkan mereka untuk bertukar informasi bahkan jika mereka berada di sistem yang berbeda. Interface Service bertanggung jawab untuk semua rincian pelaksanaan yang dibutuhkan untuk melakukan komunikasi ini. Rincian tersebut termasuk tetapi tidak terbatas pada:

• Network protocol

Interface Service harus merangkum semua aspek dari network protocol yang digunakan untuk komunikasi antara konsumen dan pelayanan. Sebagai contoh, anggaplah layanan terkena konsumen melalui HTTP melalui jaringan TCP/IP. Anda dapat menerapkan Interface Service sebagai komponen ASP.NET diterbitkan ke URL terkenal. Komponen ASP.NET menerima permintaan HTTP, ekstrak informasi yang dibutuhkan oleh layanan untuk memproses permintaan tersebut, memanggil implementasi layanan, paket respon layanan, dan mengirim respon kembali ke konsumen sebagai respon HTTP. Dari perspektif layanan, satu-satunya komponen yang memahami HTTP adalah antarmuka layanan. Pelaksanaan layanan memiliki kontrak sendiri dengan antarmuka layanan dan seharusnya tidak memiliki ketergantungan pada spesifikasi teknologi yang digunakan konsumen untuk berkomunikasi dengan antarmuka layanan.

• Data formats

Menerjemahkan Interface Service konsumen antara format data dan format data yang mengharapkan layanan. Sebagai contoh, konsumen eksternal untuk perusahaan dapat menyediakan data dan mengharapkan data yg berada dalam format XML yang sesuai dengan skema standar industri XML. Konsumen internal untuk perusahaan mungkin ingin menggunakan format XML dioptimalkan untuk layanan tertentu. Interface Service bertanggung jawab untuk mengubah dan pemetaan kedua format data dalam format yang dapat menggunakan layanan ini. Pelaksanaan pelayanan tidak memiliki pengetahuan tentang format data spesifik Interface Service mungkin gunakan untuk berkomunikasi dengan konsumen.

• Security

Interface Service harus dipertimbangkan batas kepercayaan sendiri. Konsumen yang berbeda mungkin memiliki persyaratan keamanan yang berbeda, jadi terserah untuk Interface Service untuk melaksanakan konsumen spesifik persyaratan. Misalnya, konsumen eksternal untuk perusahaan umumnya akan memiliki persyaratan keamanan yang lebih ketat daripada konsumen internal untuk perusahaan. Konsumen eksternal mungkin memiliki persyaratan otentikasi kuat dan hanya dapat diberi kewenangan untuk melakukan subset yang sangat terbatas dari operasi yang berwenang untuk konsumen internal. Konsumen internal dapat dipercaya secara implisit untuk kebanyakan operasi dan hanya membutuhkan otorisasi untuk operasi yang paling sensitif.

• Service level agreements

Interface Service memiliki peran signifikan dalam memastikan bahwa pelayanan memenuhi komitmen tingkat layanan untuk satu set khusus konsumen. Interface Service dapat mengimplementasikan caching untuk meningkatkan waktu respon dan mengurangi konsumsi bandwidth. Beberapa contoh dari Interface Service dapat digunakan di satu set beban-seimbang node pengolahan untuk mencapai skalabilitas, ketersediaan, dan kesalahan-toleransi persyaratan.

File Sistem Terdistribusi

• Pengertian File Sistem Terdistribusi

File Sistem Terdistribusi adalah file sistem yang mendukung sharing files dan resources dalam bentuk penyimpanan persistent di sebuah network. Tujuan utama dari sistem file terdistribusi yaitu mencontoh fungsi dari sistem file non‐terdistribusi pada program klien yang berjalan di komputer‐komputer dalam suatu jaringan. Dimulai dengan pembahasan mengenai sistem storage terdistribusi dan non‐terdistribusi. Sistem file terdistribusi mendukung pengiriman informasi dalam bentuk file dan sesumber hardware dalam bentuk storage lewat intranet.

• Pengenalan File Service

File service adalah suatu perincian atau pelayanan dari file system yang ditawarkan pada komputer client. Suatu file server adalah implementasi dari file service dan berjalan pada satu atau lebih mesin.

File itu sendiri berisi dari nama, data dan atribut file seperti kepemilikan file, ukuran, waktu pembuatan file dan hak akses file. File sistem merupakan mekanisme penyimpanan online serta untuk akses, baik data maupun program yang berada dalam sistem operasi.

• Karakteristik File Sistem

File Sistem adalah bertanggung jawab untuk pengorganisasian, penyimpanan, pencarian keterangan, penamaan, sharing atau pembagian dan protection atau perlindungan dari file-file.

File berisi dari dua bagian penting yaitu data dan atribut. File sistem didesain untuk menyimpan dan mengatur banyak dan besar file dengan fasilitas untuk membuat, memberi nama dan menghapus file. File system juga bertanggung jawab untuk pengontrolan dari akses file, akses terbatas ke file oleh user yang berhak dan tipe-tipe dari akses yang diminta.

Operasi pada file :

Create / delete

Query / Modifikasi Atribut

Open / Close

Read / Write

Akses Kontrol

Organisasi penyimpanan
Struktur direktori (hirarki, pathname)

Metadata (pengaturan informasi file) : atribut file, informasi struktur direktori, dll.

• Atribut File

File adalah kumpulan informasi berkait yang diberi nama dan direkam pada penyimpanan sekunder. Atribut file terdir dari :

• Nama

Merupakan satu-satunya informasi yang tetap dalam bentuk yang bisa dibaca oleh manusia (human readable form)

• Type

Dibutuhkan untuk sistem yang mendukung beberapa tipe berbeda

• Lokasi

Merupakan pointer atau penunjuk ke device dan lokasi file pada device tersebut berada

• Ukuran (Size)

Ukuran file pada saat itu, baik dalam byte, huruf ataupun blok

• Proteksi

Informasi mengenai kontrol akses, misalnya siapa saja yang boleh membaca, menulis dan mengeksekusi file

Waktu, tanggal dan identifikasi pengguna
Informasi ini biasanya disimpan untuk :

• Pembuatan file

Modifikasi terakhir yang dilakukan pada file
Penggunaan terakhir file
Struktur File System
Modul direktori : menghubungkan nama file  dengan ID file

Modul File : menghubungkan ID dengan file tertentu
Modul Akses Kontrol : memeriksa permission utuk operasi yang diminta
Modul Akses File : read / write data file atau atribut
Modul Blok : akses dan alokasi blok disk
Modul Perangkat : disk I/O dan buffering
Komponen File service
Komponen-komponen file service adalah terdiri dari :
File Service

Pengoperasian dari masing-masing file.

Directory Service

Management atau pengaturan direktori

Naming Service

Location Independence :
File dapat dipindahkan tanpa penggantian nama

Kebutuhan file sistem terdistribusi
Transpansi
Keseimbangan antara flesibilitas dan skalabilitas terhadap kompleksitas dan performansi dalam desainnya.

• Update file konkuren

Perubahan pada sebuah file oleh seorang klien seharusnya tidak menganggu operasi dari

klien lain yang pada saat bersamaan mengakses atau mengubah file yang sama.

• Replikasi file

Beberapa file service mendukung penuh replikasi, tetapi kebanyakan mendukung caching file atau portion file secara lokal, bentuk replikasi yang terbatas.

Ke‐heterogen‐an sistem operasi dan hardware
Antarmuka service sebaiknya didefinisikan sehingga software klien dan server dapat diimplementasikan untuk sistem operasi dan komputer yang berbeda.

• Toleransi kesalahan

Server bisa menjadi stateless, sehingga dapat di‐restart dan service di‐restore kembali setelah mengalami failure tanpa perlu me‐recover state sebelumnya.

• Konsistensi

Ketika file‐file direplikasi atau di‐cache pada site yang berbeda, ada delay yang tak bisa dihindari pada propagasi modifikasi dari satu site ke set lain yang membawa copy, dan ini bisa menghasilkan beberapa deviasi dari one‐copy semantic.

• Keamanan

Secara virtual, semua sistem file menyediakan mekanisme kontrol akses berdasarkan kegunaan dari daftar kontrol akses.

• Efisiensi

File service terdistribusi sebaiknya menawarkan fasilitas yang paling tidak, sama bagusnya dengan yang ditemukan pada sistem file konvensional, dan sebaiknya mendapat level performance yang dapat diperhitungkan.

Komponen File Service

Komponen-komponen file service terdiri dari :

• File Service

Pengoperasian dari masing-masing file atau File service adalah suatu perincian atau pelayanan dari file system yang ditawarkan pada komputer client. Suatu file server adalah implementasi dari file service dan berjalan pada satu atau lebih mesin. File itu sendiri berisi dari nama, data dan atribut file seperti kepemilikan file, ukuran, waktu pembuatan file dan hak akses file.

• Directory Service

Management atau pengaturan direktori. Sebuah service yang digunakan untuk menghubungkan semua resource yang ada pada jaringan dan berperan semacam sebuah buku telpon raksasa. Directory service pada NT 4 mempunyai peran penting dalam mengatur proses logon dan administrasi security secara terpusat.
Pada generasi DS yang lebih lanjut, Microsoft memperkenalkan ADS yang disertakan bersama OS Windows 2000 server. ADS generasi kedua ini mempunyai kemampuan yang jauh lebih besar daripada pendahulunya. Selain itu Microsoft juga mempermudah administrasi dari ADS dengan menggunakan system hierarchical view dan multimaster.

• Naming Service

Suatu name service dapat menyimpan kumpulan satu atau lebih konteks penamaan yaitu sehimpunan keterkaitan antara nama dan atribut objek, seperti user, komputer, services, dan remote object.

Contoh File Service : NFS (Network File System) dan AFS (Andrew File System)

Sumber:
http://adityabagusrukmana08.blogspot.co.id/2016/04/file-sistem-terdistribusi.html

https://novaandriatnas.wordpress.com/2016/04/18/sistem-terdistribusi/#more-238

https://omponk.wordpress.com/2012/04/17/pengenalan-interface-service-2/

http://cutegalzjelek.blogspot.com/2012/04/komponen-komponen-file-service.html

https://pinkysoshi.wordpress.com/information-system-2/sistem-terdistribusi/file-sistem-terdistribusi/

Osi Model

Layer OSI model merupakan arsitektural jaringan yang dikembangkan oleh Badan International Organization of Standardization (ISO) di wilayah Eropa pada tahun 1977. OSI nama kependekan dari nama aslinya yaitu Open System Interconnection. Model OSI biasa disebut dengan model "Model Tujuh Lapis OSI" .

Sebelum adanya model referensi OSI, sistem jaringan komputer sangat tergantung kepada pemasok (vendor). OSI berupaya membentuk suatu standar umum jaringan komputer untuk menunjang interoperatibilitas antar pemasok yang berbeda. Biasanya didalam suatu jaringan yang besar terdapat banyak sekali protokol jaringan yang berbeda. Tidak adanya suatu protokol yang sama, membuat banyak perangkat tidak dapat saling berkomunikasi.
Model referensi OSI ini pertama kali ditujukan untuk sebagai basis mengembangkan protokol-protokol jaringan., yang pada kenyataannya inisiatif ini mengalami kegagalan. Kegagalan tersebut disebabkan oleh berbagai macam faktor sebagai berikut :

Fungsi-fungsi setiap layer sebagai berikut:

• Physical Layer - bagian OSI berupa Physical Layer berfungsi mendefinisikan media transmisi jaringan, metode pensinyalan, sinkronisasi bit, arsitektur jaringan (seperti halnya Ethernet atau Token Ring), topologi jaringan dan pengabelan. Selain itu, level ini juga mendefinisikan bagaimana Network Interface Card (NIC) dapat berinteraksi dengan media kabel atau radio. 

• Data-Link Layer - bagian Data Link Layer OSI befungsi untuk menentukan bagaimana bit-bit data dikelompokkan menjadi format yang disebut sebagai frame. Selain itu, pada level ini terjadi koreksi kesalahan, flow control, pengalamatan perangkat keras (seperti halnya Media Access Control Address (MAC Address)), dan menetukan bagaimana perangkat-perangkat jaringan seperti hub, bridge, repeater, dan switch layer 2 beroperasi. Spesifikasi IEEE 802, membagi level ini menjadi dua level anak, yaitu lapisan Logical Link Control (LLC) dan lapisan Media Access Control (MAC). 

• Network Layer - bagian Model OSI ini berfungsi untuk mendefinisikan alamat-alamat IP, membuat header untuk paket-paket, dan kemudian melakukan routing melalui internetworking dengan menggunakan router dan switch layer-3.

• Transport Layer - Berfungsi untuk memecah data ke dalam paket-paket data serta memberikan nomor urut ke paket-paket tersebut sehingga dapat disusun kembali pada sisi tujuan setelah diterima. Selain itu, pada level ini juga membuat sebuah tanda bahwa paket diterima dengan sukses (acknowledgement), dan mentransmisikan ulang terhadp paket-paket yang hilang di tengah jalan.

• Session Layer- Berfungsi untuk mendefinisikan bagaimana koneksi dapat dibuat, dipelihara, atau dihancurkan. Selain itu, di level ini juga dilakukan resolusi nama.

• Presentation Layer- Berfungsi untuk mentranslasikan data yang hendak ditransmisikan oleh aplikasi ke dalam format yang dapat ditransmisikan melalui jaringan. Protokol yang berada dalam level ini adalah perangkat lunak redirektor (redirector software), seperti layanan Workstation (dalam Windows NT) dan juga Network shell (semacam Virtual Network Computing (VNC) atau Remote Desktop Protocol (RDP).

• Application Layer- Berfungsi sebagai antarmuka dengan aplikasi dengan fungsionalitas jaringan, mengatur bagaimana aplikasi dapat mengakses jaringan, dan kemudian membuat pesan-pesan kesalahan. Protokol yang berada dalam lapisan ini adalah HTTP, FTP, SMTP, dan NFS.

Gambar Model Osi Layer

Sumber referensi artikel : Wikipedia.

PENGANTAR KOMPUTASI MODERN

Pada mata kuliah Pengantar Komputasi Modern. Diberikan tugas softskill  yaitu mencari website yang didalamnya terdapat komputasi modern atau telah menerapkan komputasi modern pada web tersebut.

Pengertian komputasi :
Komputasi dapat diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan permasalahan dari data input dengan suatu algoritma. Komputasi merupakan subbagian dari matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental dan kadang-kadang menggunakan tabel.

komputasi modern adalah sebuah konsep sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory, memory disini bisa juga dari memory komputer. Oleh karena pada saat ini kita melakukan komputasi menggunakan komputer maka bisa dibilang komputer merupakan sebuah komputasi modern.

Pada tampilan awal web lazada.co.id menapilkan semua barang yang akan anda cari. Misalkan mencari kursi teras, maka akan menampilkan apa barang yang anda cari.

Selain itu, pada website ini juga terdapat layanan atau menu Pesan Online yang termasuk ke dalam komputasi modern. Dengan layanan ini, customer dapat memesan barang apa saja secara online tanpa harus mendatangi toko-toko, Proses kerja dari layanan ini dijalankan oleh komputer. Berikut tampilan layanan yang dimaksud:

kalau kita berminat dengan menu yang ada kita dapat mengetikkan jumlah pesanan yang kita inginkan, seperti pada gambar di atas.

Lalu untuk konfirmasi pemesanan, kita harus login dahulu. Setelah itu kita diminta untuk mengisikan data pembeli. Seperti nama dan alamat yang dituju. Tahap yang terakhir dari proses pemesanan yang tadi telah kita lalui adalah akan tampil Detail Order dari transaksi pemesanan online yang kita lakukan.

Sumber : Lazada.co.id